L3 Biologie des organismes et écologie

Programme de Biologie moléculaire et de biochimie de L1 et L2 d'Orsay

Cette UE illustre le cours du S5 "Outils de Biochimie et de Biologie Moléculaire en Écologie" dans un contexte de plantes transgéniques, en utilisant des approches intégrées de Biologie Moléculaire et de Biochimie autour d'une problématique commune. Le but est de faire découvrir ou de faire approfondir aux étudiants, des techniques classiques d’expérimentation en Biologie Moléculaire (PCR, électrophorèse) et de Biochimie (purification et dosages de protéines, cinétique enzymatique). L’accent sera mis sur le travail en autonomie à partir de protocoles détaillés et l’analyse de résultats expérimentaux extraits d’articles scientifiques. Un compte-rendu des expérimentations sera réalisé.

TD de Biologie Moléculaire 
 Édition des génomes
 
TP de Biologie Moléculaire 
 Extraction d’ADN plasmidique et génomique
 PCR
 Électrophorèse en gel d’agarose
 Digestion par des endonucléases

TP/TD de Biochimie

OAV1. (transversal) Réaliser des expériences en condition de laboratoire.
Concevoir un protocole expérimental à partir de consignes et d’objectifs précis (dilutions, extrapolations, …)
S’organiser et s’adapter à une situation d’expérimentation en laboratoire (développer des bonnes pratiques de laboratoire, savoir réagir face au stress, planifier les expériences)
Manipuler des instruments basiques en BM et Biochimie (pipetage, électrophorèse, préparation de solutions, utilisation spectrophotomètre, pesée…)
S’adapter au travail en binôme et en groupe
Composer un cahier de laboratoire clair et détaillé
OAV2. (transversal) Analyser et interpréter des résultats scientifiques.
Formaliser les résultats sous forme de graphiques ou de schémas normalisés
Analyser et interpréter les résultats obtenus en comparaison à un contrôle à l’aide de calculs par exemple
Restituer ces données dans un compte-rendu clair, organisé et synthétique sous forme écrite et orale
Formuler des hypothèses et développer un esprit critique quant aux résultats
Intégrer et faire le lien entre les apports des techniques de BM et de Biochimie pour répondre à un même questionnement scientifique
OAV3. (transversal) Consolider les connaissances théoriques de l’UE « Outils de Biochimie et de Biologie Moléculaire en Écologie ».
Définir et décrire ce qu’est un gène, génome, contrôle de l’expression génique
Définir et décrire ce qu’est une protéine, une activité enzymatique
Identifier l’intérêt des approches appliquées dans cette UE dans le contexte de la filière de Biologie des Organismes et Ecologie.
OAV4. (Partie Biologie Moléculaire) Décrire et/ou mettre en oeuvre les techniques expérimentales classiques de la BM.
Décrire et réaliser une extraction d’ADN plasmidique et d’ADN génomique de plante
Décrire, réaliser et interpréter une carte de restriction par digestion enzymatique
Décrire, réaliser et interpréter une expérience de PCR
Décrire, réaliser et interpréter une expérience d’électrophorèse de fragments d’ADN en gel d’agarose
Décrire et illustrer par des exemples les approches de ciblages de gènes
Décrire et schématiser les techniques de Southern Blot, Northern Blot, Western Blot, RT-PCR, construction de banque génomique, transgenèse chez les bactéries, cellules animales et végétales
Décrire et illustrer par des exemples l’utilisation de marqueurs de polymorphisme
OAV5. (Partie Biochimie) Décrire les techniques expérimentales utilisées ou décrites dans l’UE et leurs principes.
Décrire et réaliser une expérience de purification de protéines
Décrire et réaliser une expérience de cinétique enzymatique

Les enseignements sont dispensés sous forme de TP (40h) et de TD (5h) intégrés aux TP. L'évaluation sera faite par un contrôle continu (compte-rendu de TP) et un examen écrit final.

Biologie Moléculaire. Chauvet et al. Dunod eds 2025 et pour la biochimie :Principles of Biochemistry (chapitres sur les protéines et l'enzymologie )

Connaissances niveau L2 en biologie animale et physiologie animale

Le système nerveux central et le système endocrinien constituent les deux principaux systèmes de communication de l’organisme. Ils assurent la transmission d’informations entre les tissus et les organes, permettant ainsi la régulation des grandes fonctions physiologiques et le maintien de l’homéostasie. 
L’unité d’enseignement Physiologie des Régulations Endocrines et Neurosciences a pour finalité d’apporter aux étudiant.es des connaissances théoriques solides dans les domaines de la physiologie endocrinienne et des neurosciences. Elle accorde également une place importante aux enseignements pratiques, afin de confronter précocement l’étudiant.e à la démarche expérimentale et de lui permettre d’acquérir les bases des bonnes pratiques de laboratoire.
Les enseignements de neurophysiologie visent à assurer la maîtrise de l’organisation anatomo-fonctionnelle globale des systèmes nerveux central et périphérique. Une attention particulière est portée à l’étude des réflexes spinaux, qui permettent d’illustrer les circuits neuronaux de base et l’organisation segmentaire de la moelle épinière. Ils abordent également le mouvement volontaire, en expliquant la coordination entre les structures cérébrales impliquées, les mécanismes de planification et d’exécution du geste, ainsi que le rôle des voies motrices descendantes dans la commande musculaire. Les enseignements d’endocrinologie ont pour objectif de faire acquérir la maîtrise de l’organisation anatomique et de la physiologie des principales glandes endocrines. Ils abordent les mécanismes moléculaires et les voies de signalisation impliquées dans le contrôle hormonal du métabolisme et dans la régulation de l’homéostasie des grands systèmes de l’organisme, en considérant aussi bien les contextes physiologiques que physiopathologiques. En somme, ces enseignements visent non seulement à transmettre des connaissances fondamentales, mais aussi à développer une compréhension intégrée des interactions fonctionnelles entre les différentes composantes de la physiologie humaine.

OAV1 : Décrire et illustrer l’organisation anatomo-fonctionnelle du système nerveux.
Au terme de cet enseignement l’étudiant.e devra être capable de décrire et d’illustrer l’organisation anatomo-fonctionnelle globale des systèmes nerveux central et périphérique (ex. modulation des réflexes spinaux, contrôle central du mouvement), en identifiant les régions cérébrales associées à des fonctions spécifiques complexes. Cet enseignement permettra également à l’étudiant.e de consolider ses acquis en neuro-anatomie fonctionnelle  en intégrant les concepts cellulaires et moléculaires fondamentaux de la transmission et de la communication nerveuses.
OAV2 : Analyser, interpréter et présenter des données expérimentales extraites de publications scientifiques, relatives à l’organisation anatomique et au fonctionnement du système nerveux.
A l’issue de cet enseignement, l’étudiant.e devra maitriser l’analyse et l’interprétation de données expérimentales relatives à l’organisation anatomique et au fonctionnement du système nerveux dans des situations physiologiques et pathologiques. Il/elle devra être capable de mobiliser les connaissances théoriques acquises en neurosciences afin de résoudre des exercices construits à partir d’extraits de publications scientifiques.
OAV3 : Décrire l’anatomie et la fonction des principales glandes endocrines, ainsi que les mécanismes de contrôle de leurs sécrétions hormonales.
A l’issue de cet enseignement, l’étudiant.e sera capable d’identifier les principales glandes endocrines, décrire leur organisation anatomique et histologique, leur rôle physiologique et les mécanismes de régulation de leurs sécrétions hormonales. Il/elle sera en mesure d’exposer le rôle : 1/ des Hormones thyroïdiennes et de la médullo-surrénale ; 2/ de la Parathyroïde dans la régulation de l’équilibre calcium/phosphate 3/ du pancréas endocrine dans la régulation de la glycémie. Par ailleurs, ces enseignements permettront à l’étudiant.e de s’approprier les mécanismes cellulaires et moléculaires impliqués dans la régulation centrale de la prise alimentaire, ainsi que dans le contrôle hormonal de la reproduction et de l’équilibre hydrominéral.

OAV4 : Lister et décrire les voies de signalisation contrôlées par les différentes hormones et leurs
régulations dans un contexte physiologique et physiopathologique.
Au terme de cet enseignement l’étudiant.e devra être capable de décrire et d’illustrer les mécanismes moléculaires et les voies de signalisation impliquées dans le contrôle hormonal du métabolisme et de l’homéostasie des systèmes physiologiques. L’accent sera mis sur la signalisation via les récepteurs couplés aux protéines G, les récepteurs nucléaires, les récepteurs à activité tyrosine kinase et les récepteurs aux cytokines. L'étudiant.e devra également être en mesure de décrire et d’expliquer les conséquences des dérégulations de ces voies de signalisation dans le développement de pathologies métaboliques telles que l’obésité et le diabète.

OAV5 : Collecter, analyser, interpréter et présenter des données expérimentales.
A l’issue de cet enseignement l’étudiant.e sera initié.e à la conception d’un protocole expérimental, à l’acquisition, l’analyse et l’interprétation de données expérimentales collectées lors des séances de travaux pratiques (reflexe myotatique, anatomie de l’encéphale, histophysiologie des glandes endocrines, régulation hormonale de la reproduction, régulation centrale de prise alimentaire). Il/elle devra également développer ses compétences de communication scientifique à travers l’analyse et la présentation de résultats expérimentaux sous forme écrite et orale.

L’UE Physiologie des Régulations Endocrines et Neurosciences vise à fournir aux étudiants des connaissances théoriques solides et des compétences pratiques dans les domaines de la physiologie endocrinienne et des neurosciences.
En Neurosciences, les cours magistraux (10 h) apportent les bases théoriques sur l’organisation générale du système nerveux central, son rôle dans la régulation de l’information sensorielle et le contrôle spinal et central du mouvement. Les travaux pratiques (6 h) viennent approfondir ces notions par l’étude de la neuroanatomie fonctionnelle et des réflexes de la motricité volontaire. Les travaux dirigés (3h) permettent de consolider ces connaissances à travers l’apprentissage des techniques d’étude du système nerveux central.
En Endocrinologie, les cours magistraux (11 h) apportent les fondements théoriques sur le fonctionnement du système endocrinien, en abordant la régulation hormonale du métabolisme, de la glycémie, de la reproduction, ainsi que la neuroendocrinologie du comportement alimentaire. Les travaux pratiques (9 h) complètent ces notions par l’étude de l’histologie des glandes endocrines et des voies hypothalamiques de la régulation de prise alimentaire. Enfin, les travaux dirigés (6 h) permettent d’approfondir les connaissances sur la neuroendocrinologie, la régulation hormonale du métabolisme et la transduction du signal hormonal.
L’évaluation des connaissances et des compétences consiste, pour la première session, en un examen écrit (contrôle terminal) qui représente 70% de la note finale et un contrôle continu incluant les notes des comptes rendus des TP, et l’évaluation des TD qui représente 30 % de la note finale. 

L’examen de la deuxième session consiste en une épreuve orale.

Physiologie humaine : Une approche intégrée de Unglaub Silverthorn, Dee, Silverthorn, Andrew C, Johnson, Bruce R, Ober, William-C, ... ed. Pearson.   

Physiologie Humaine de Vander et al., McGraw Hill's Primis Custom Publishing.

Neurosciences. Purves, Augustine et al. - (1999, 2006, 2010 … ed. De BOECK)

Cette UE permet, par des approches développementales, Evo/Dévo, anatomiques et physiologiques, de comparer et de connaitre les fonctions de reproduction, nutrition et de relation chez les Métazoaires.

OAV1. Mémoriser et discuter des mécanismes de la reproduction, de l’embryogenèse et du développement chez divers modèles animaux.
OAV2. Décrire et comparer les programmes génétiques du développement et exposer/discuter les hypothèses que l’on peut en déduire sur l’évolution de ces programmes chez les Métazoaires.
OAV3. Décrire les grands types d’organisation des systèmes digestifs et nerveux chez les animaux et leur évolution.
OAV4. Décrire et comparer le tégument des Arthropodes et des Vertébrés.
OAV5. Analyser les mécanismes de l’excrétion chez les animaux.
OAV6. En s’appuyant sur des documents et/ou sur ses connaissances théoriques, observer, manipuler, disséquer certains organismes animaux et mettre en évidence des organes et des systèmes réalisant certaines grandes fonctions (nutrition, excrétion, reproduction et système nerveux) chez différents groupes de Métazoaires (Arthropodes / Amniotes)

Les enseignements seront dispensés sous forme de cours magistraux, de travaux dirigés et de travaux pratiques.
L’évaluation sera faite via une épreuve finale de synthèse et par un contrôle continu.

Session 1 F = 0,6 épreuve écrite + 0,4 contrôle continu TP 
Session 2 F = 0,6 épreuve écrite + 0,40 contrôle continu TP (Report)

1 - BEAUMONT André et CASSIER Pierre. Biologie animale, des Protozoaires aux Métazoaires Epithélioneuriens, Tomes 1 et 2, Ed. Dunod Université, 3e édition (2004).
2 - LECOINTRE Guillaume et LE GUYADER Hervé. Classification phylogénétique du vivant, volume 2, Ed. Belin, 2013.
3 - LECOINTRE Guillaume et LE GUYADER Hervé. Classification phylogénétique du vivant, Tome 2, Ed. Belin, 2017
4 – BARRESI Michael J. F. et GILBERT Scott F. Developmental Biology, Ed Oxford University Press, 2020
5 – WOLPERT Lewis, TICKLE Cheryll et Coll, Biologie du Développement, Ed Dunod, 2017
6 – MARIEB Elaine et HOEHN Katja. Anatomie et Physiologie humaines, Ed Pearson, 2010
7 – O’DOWD Géraldine, WOODFORD Phillip et YOUNG Barbara. Atlas d'histologie fonctionnelle de Wheater, Ed De Boeck, 2015.

Objectif :
L’objectif de l’UE est de présenter l’état des connaissances sur la physiologie végétale notamment la photosynthèse, la respiration et le métabolisme secondaire. Ces processus sont présentés chez les espèces herbacées ou ligneuses depuis l’échelle cellulaire jusqu’à l’échelle individuelle voire écosystémique. Leurs variations avec les conditions environnementales biotiques et abiotiques sont précisées. Les impacts de la sécheresse ainsi que des pathogènes sont plus particulièrement détaillés. Dans ce cadre, le rôle de l’oxygène réactif pour l’acclimatation et les dommages cellulaires de la plante sont discutés.
L’UE présente tout un ensemble de techniques actuelles pour caractériser la physiologie des plantes et les mécanismes d’acclimatation aux stress environnementaux. Certaines d’entre elles sont utilisées par les étudiants lors de l’UE pour des expérimentations pratiques de laboratoire.

Les enseignements du module se repartissent en 22,5 h de cours, 15 h de TP, 6h TD et 1,5h en autonomie

À l’issue de cette UE les étudiants doivent être capable de :
OAV1. (Re)connaitre les principales voies physiologiques (photosynthèse, respiration, assimilation de l’azote et du soufre) de la plante , (plantes C3, C4 et CAM, arbres).
OAV2. Expliquer comment la plante réagit à un changement de conditions environnementales (cas particulier de la sécheresse).
OAV3. Résumer et appliquer les méthodes présentées durant les TPS, TDs et les cours.
OAV4. Analyser et interpréter les données d’une manipulation.
OAV5. Manipuler correctement les plantes durant les TPs.

Bases fondamentales de la biochimie, de la biologie moléculaire et de la biologie cellulaire (L1 et L2).

L'objectif de cet enseignement est de présenter la cellule en interaction avec son environnement. Les cours et les travaux dirigés de cette unité d’enseignement permettront aux étudiants de développer une vision intégrée des processus cellulaires fondamentaux et d’appréhender leur régulation, ainsi que leurs éventuelles dérégulations, dans le temps et dans l’espace.

• L’étude des mécanismes moléculaires et cellulaires impliqués dans le déroulement du cycle cellulaire sera abordée. Le rôle de l’environnement dans le contrôle de ce déroulement, à travers les facteurs mitogènes et les protéines de la matrice extracellulaire, sera décrit. Les points de contrôles qui assurent la progression correcte dans le cycle et l'intégrité de l'ADN seront tout particulièrement détaillés.
• Les processus qui régissent l’organisation fonctionnelle et la dynamique de la cellule (signalisation, adressage, trafic intracellulaire, adhérence, motilité, régulation de l’expression des gènes, immunité cellulaire…) seront décrits et placés dans le contexte de pathologies (cancers et maladies dégénératives).
• Étudier ces processus moléculaires et cellulaires nécessitera d’aborder la structure, la dynamique et l’homéostasie des constituants cellulaires, ainsi que la façon dont l'environnement conditionne l’ensemble des mécanismes sous-jacents, dans un contexte tissulaire, et tout particulièrement à l’échelle de l’expression des gènes (épigénétique).

OAV1. Décrire et schématiser la synthèse, la structure et la topologie des acides nucléiques, la réplication de l’ADN, ainsi que l’expression génique et sa régulation.
OAV2. Décrire, schématiser et illustrer les grands processus cellulaires et leur dynamique : adressage & trafic intracellulaire, adhérence et motilité cellulaire ; décrire le cytosquelette de la cellule et sa contribution aux processus précédents.
OAV3. Décrire et schématiser la signalisation cellulaire : décrire et schématiser les grandes voies de signalisation cellulaire, lister les principaux acteurs de ces voies. Replacer ces acteurs dans la cellule, et la coordination nécessaire au bon fonctionnement cellulaire.
OAV4. Décrire et schématiser les mécanismes moléculaires du contrôle du cycle cellulaire et du devenir des populations cellulaires (quiescence, prolifération, sénescence, différentiation et morts cellulaires).
OAV5. Décrire et schématiser le rôle des principaux acteurs cellulaires et moléculaires du système immunitaire.
OAV6. Décrire des techniques d’analyses couramment utilisées en biologie cellulaire : appliquer les connaissances de cours dans un contexte expérimental ; décrire et interprétez des résultats expérimentaux obtenus in vitro, in vivo ; Illustrer ou formuler une synthèse d’un ensemble de résultats expérimentaux.
OAV7. Décrire l’ensemble de ces processus avec une vision intégrée — à l’échelle de la cellule mais aussi des organismes entiers dans leur environnement — afin de percevoir et d’appréhender toute la pertinence, la finesse et l’absolue complexité de ces processus.
OAV8. Décrire, schématiser et illustrer des dysfonctionnements de processus cellulaires menant à des pathologies humaines comme certains cancers et des maladies neurodégénératives.

36 heures de cours magistraux et 9 heures de travaux dirigés

Biologie Moléculaire de la Cellule, 6 ème édition, Bruce Alberts et al.
Biologie Cellulaire, Thomas Pollard et William Earnshaw

Cette UE vise à apporter aux étudiants les notions de base pour comprendre les phénomènes géologiques. Elle se focalise sur les domaines fondamentaux des sciences de la terre tels que la sédimentologie, la paléontologie et la volcanologie afin de mieux appréhender les relations entre Terre profonde et enveloppes externes (atmosphère et hydrosphère). Cet enseignement traitera également les discussions actuelles sur les changements environnementaux à l’échelle planétaire et les risques associés (volcanique et climatique).

OAV1. Connaitre le fonctionnement et l’évolution globale de la Terre.
OAV2. Apprendre les principes de base de la chronologie en géologie et connaître l’histoire de notre planète depuis sa formation.
OAV3. Apprendre les principes de base de volcanologie et des risques associés.
OAV4. Comprendre le fonctionnement du système climatique actuel et explorer les différents grands réservoirs du système climatique terrestre (Atmosphère, Hydrosphère, Cryosphère) et leurs interconnections. Ces principes seront transposés dans le passé et dans une perspective future.

L’évaluation sera effectuée par un examen terminal et un contrôle continu

Session 1 F = EEF * 70% + ETP * 30%
Session 2 F = EEF * 70% + ETP * 30% [Report session 1]

Maurice Renard, Yves Lagabrielle, Erwan Martin, Marc Rafelis Saint Sauveur (de), Jean-Charles Pomerol. Eléments de géologie - 16e édition du Pomerol Cours, QCM et site compagnon. Dunod 2018 - 16ème édition - 1152 pages - 191 x 250 mm, EAN13 : 9782100724802.

Connaissances de base (niveau L2) en biologie végétale, physiologie végétale, biologie cellulaire et moléculaire, interactions plantes-micro-organismes. 
Des notions de base en expérimentation et en analyse de données biologiques sont recommandées (niveau L2).

Dans un contexte de changement climatique global, les interactions entre les plantes et leur environnement deviennent de plus en plus complexes. La fréquence, l’intensité et la combinaison des contraintes abiotiques et biotiques s’accentuent, affectant directement la croissance, la santé et la productivité des cultures. Les systèmes agricoles sont ainsi soumis à des pressions croissantes, avec la nécessité de concilier performance agronomique et durabilité. Cela implique notamment de repenser les pratiques actuelles en réduisant le recours aux engrais chimiques et aux produits phytosanitaires de synthèse, tout en préservant la fertilité des sols, la santé des plantes et la résilience des agroécosystèmes.

Au terme de cet enseignement, l’étudiant.e sera capable de :
OAV1. Décrire les principaux mécanismes (moléculaires, cellulaires et physiologiques) et principales voies de signalisation, impliqués dans la réponse des plantes aux contraintes abiotiques et biotiques de l’environnement.
OAV2. Expliquer comment les variations environnementales impactent le développement des plantes et leurs écosystèmes, et comment ces dernières y répondent pour s'y adapter. Illustrer l'influence de ces variations sur les enjeux sociétaux et écologiques.
OAV3. Appliquer un ensemble de techniques expérimentales variées et couramment utilisées dans le domaine des sciences du végétal, pour étudier l'influence de contraintes environnementales sur la croissance des plantes à différentes échelles (macroscopique, microscopique ou moléculaire/métabolique).
OAV4. Analyser, interpréter et discuter des résultats obtenus en regard des données de la littérature. Formuler des hypothèses et développer un esprit critique. Restituer ses connaissances à l’oral.

L’UE est organisée en 3 blocs thématiques :

1. les réponses des plantes aux contraintes abiotiques (températures extrêmes, élévation du CO₂, excès ou déficit lumineux, sécheresse, salinité, etc.)
2. les réponses des plantes aux contraintes biotiques (interactions parasitaires).
3. les réponses des plantes aux contraintes abiotiques en conditions symbiotiques.

Biologie végétale : Croissance et développement - 4e édition Jean-François Morot-Gaudry, Loïc Lepiniec, Roger Prat, Frédéric Gévaudant, Patrick Laufs et al. (2021) Eds Dunod.

Phytopathologie – 2ème édition, Philippe Reignault, Ivan Sache, Mathias Choquer, Marie-France Corio-Costet, Alia Dellagi, Frédéric Suffert (2023) Eds de Boeck.

Les végétaux - Des symbioses pour mieux vivre, Lydie Suty (2015) Eds Quae.

La physiologie étudie le fonctionnement normal du corps humain, c'est-à-dire les processus biologiques qui régissent le travail des organes, des tissus et des cellules. Elle cherche à comprendre comment ces différentes structures interagissent et coopèrent pour maintenir l'homéostasie, permettre la survie et soutenir les fonctions vitales telles que la respiration, la digestion, la circulation sanguine, la régulation de la température corporelle, et plus encore. Pour décrire précisément les fonctions physiologiques, il est également essentiel de comprendre les mécanismes cellulaires et moléculaires, qui permettent d’appréhender le fonctionnement global d’un organe. Dans cette optique, le module de Physiologie des Fonctions Cardiorespiratoires, Digestive et Métabolisme propose une approche intégrée, tenant compte des différentes échelles pour analyser les grandes fonctions du corps humain. Ce module se divise en deux parties : la première aborde les propriétés anatomiques, cellulaires et fonctionnelles du système cardiorespiratoire, tandis que la seconde étudie le système digestif, le métabolisme et l’homéostasie énergétique. L’approche pédagogique allie cours théoriques et séances de travaux pratiques et dirigés, permettant une meilleure compréhension des concepts et de leur application.

OAV1. Décrire et formaliser les fondements de la fonction cardiorespiratoire.
L’étudiant.e sera capable de décrire l’anatomie du cœur et de l’appareil respiratoire ainsi que les éléments de base de la mécanique cardiorespiratoire. Il /Elle devra être capable de maitriser les lois physiques qui régissent le mouvement de l’air entre l’atmosphère et les alvéoles, les échanges gazeux au niveau pulmonaire et tissulaire et l’écoulement du sang dans les vaisseaux sanguins. Il/Elle devra être en mesure de citer les différentes formes de transport de l’O2 et du CO2 dans le sang et savoir décrire la structure et les principales propriétés de l’hémoglobine. 
OAV2. Décrire les propriétés électriques de base des cellules pacemaker et des myocytes cardiaques du cœur et schématiser le contrôle de la respiration et la modulation de la fonction cardiaque par le système nerveux.
À l’issue de ces enseignements, l’étudiant.e devra être en mesure de citer un nombre limité de canaux ioniques intervenant dans la décharge des potentiels d’action cardiaques ainsi que les étapes qui relient l’excitation et la contraction du myocyte cardiaque. L’étudiant.e devra aussi être capable d’identifier les rôles du système nerveux dans la physiologie cardiorespiratoire : il sera capable de distinguer le rôle du système nerveux dans le contrôle et/ou dans la modulation de la fonction cardiorespiratoire.
OAV3. Définir et mémoriser l’organisation anatomo-fonctionnelle et la physiologie de l’appareil digestif et de ses glandes annexes.
À l’issue de cet enseignement l’étudiant.e sera capable de décrire l’anatomie et l’histologie de l’appareil digestif et de ses glandes annexes (le foie, le pancréas et la vésicule biliaire). Il/Elle devra définir les principales fonctions du tube digestif et leurs régulations par le système endocrinien et les systèmes nerveux central et entérique. Il/Elle identifiera et rappellera la transformation subie par les aliments lors des phases céphalique, buccale, gastrique et intestinale de la digestion, et il définira le rôle du foie et du pancréas dans la digestion intestinale des aliments.
OAV4. Identifier et rappeler les principales voies métaboliques du catabolisme des glucides, des lipides et des protéines. 
À l’issue de cet enseignement l’étudiant.e doit être capable de décrire les voies métaboliques du catabolisme du glucose aérobie (glycolyse, cycle de Krebs et chaine respiratoire) et anaérobie (fermentation lactique ou alcoolique) et de construire le bilan énergétique de l’utilisation du glucose par la respiration et par la fermentation. On souhaite qu’il/elle schématise les principales voies métaboliques du catabolisme des lipides (lipolyse, ß-oxydation et cétogenèse) et qu’il formule le bilan énergétique de la ß-oxydation des acides gras. Il devra retenir les voies métaboliques du catabolisme protéique (protéolyse et catabolisme oxydatif des acides aminés).
OAV5. (Transversal) Collecter, analyser, interpréter et présenter des données scientifiques.
Le but est que l’étudiant.e puisse se familiariser avec l’acquisition et l’analyse de données à partir de mesures des paramètres physiologiques (électrocardiogramme, pression artérielle, fréquence respiratoire et volume courant, consommation d’oxygène, régulation de la glycémie, analyse nutritionnelle...). On attend que l’étudiant.e soit capable de produire des résultats scientifiques cohérents, reproductibles, et de les analyser de façon autonome et critique. Il/Elle devra également décrire les conséquences de certaines dérégulations des appareils digestif et cardiorespiratoire sur le développement de maladies comme l’obésité, l’athérosclérose, l’ischémie cardiaque ou les troubles ventilatoires restrictifs et obstructifs.

L’UE se déroule principalement pendant la journée du lundi. La journée type est constituée par 2h de CM suivies par un TD le matin tandis que l’après-midi est dédié aux TP. 
Les cours magistraux (20 h) fournissent les bases théoriques sur le système cardio-respiratoire, le système digestif et le métabolisme. Les travaux dirigés (8 h) permettent aux étudiants d’appliquer les connaissances acquises en analysant des cas cliniques, des données expérimentales, des graphiques, etc. Les travaux pratiques (17 h) complètent certaines notions abordées en cours, notamment : 1) l’adaptation de la physiologie cardio-respiratoire à l’effort, 2) la mesure de l’activité cardiaque par ECG, 3) l’étude de l’organisation et des fonctions de l’appareil respiratoire par histologie, 4) l’analyse nutritionnelle, 5) l’étude de la régulation de la glycémie.
Les modalités d’évaluation des comptes-rendus de TP et de TD seront précisées au début de l’UE.La notation pour les comptes-rendus des TP et des TD sera communiquée en début de l’UE.

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Cette UE présente les principaux groupes de Métazoaires (caractères morphologiques, anatomiques et fonctionnels), leur diversité et leurs relations phylogénétiques.

Au cours des Travaux Dirigés, les principaux taxons des Métazoaires seront étudiés suivant le même plan : place du taxon dans la phylogénie actuelle, principales apomorphies, caractères généraux, diversité. Cet enseignement sera complété par l’observation d’échantillons issus des collections naturalistes de l’Université.
Les Travaux Pratiques illustreront et compléteront les connaissances acquises lors des séances de TD par l’étude morpho-anatomique d’organismes représentatifs des taxons étudiés.

OAV1. Mémoriser les principaux taxons de Métazoaires ainsi que leurs caractères (synapomorphies, caractères morphologiques et anatomiques) et savoir les replacer dans l’arbre phylogénétique des Métazoaires.
OAV2. Observer, identifier, comparer des caractères morphologiques et anatomiques de différents animaux et en déduire leur position dans l’arbre des Métazoaires.
OAV3. Généraliser les critères d’observation et d’identification à d’autres animaux et confronter les connaissances théoriques et les observations du réel.
OAV4. Observer, manipuler, disséquer certains animaux et mettre en évidence des organes et des systèmes réalisant certaines grandes fonctions (digestion, excrétion, circulation, respiration, reproduction) chez différents groupes de Métazoaires.
OAV5. Appréhender la diversité du vivant issue des processus évolutifs en intégrant des connaissances théoriques et des observations concrètes d’échantillons.

Les enseignements seront dispensés sous forme de travaux dirigés et de travaux pratiques.
L’évaluation sera faite via une épreuve finale de synthèse et par un contrôle continu.

Session 1 F = EEF * 45% + CCTP * 45% + CC * 10%
Session 2 F = EEF * 45% + CCTP * 45% [Rep] + CC * 10% [Rep]

1 - LECOINTRE Guillaume et LE GUYADER Hervé. Classification phylogénétique du vivant, Tome 2, Ed. Belin, 2017
2 - BEAUMONT André et CASSIER Pierre. Biologie animale, des Protozoaires aux Métazoaires Epithélioneuriens, Tomes 1 et 2, Ed. Dunod Université, 3e édition, 2004 
3 - BEAUMONT André et CASSIER Pierre. Biologie Animale, les Cordés, Anatomie Comparée des Vertébrés, Ed. Dunod Université, 9e édition, 2009
4-  MILLER Stephen A et Harley John P. Zoologie, Ed De Boeck, 2015
5- POINSOT Denis, HERVE Maxime, JE GARF Bernard, CELLIER Mael. Diversité animale : histoire, évolution et biologie des métazoaires, Ed. De Boeck, 2018

Pré-requis : Aucun
Option à effectif limité - Une lettre de motivation sera nécessaire pour intégrer cette option.

L’objectif de cette option est de présenter les concepts fondamentaux de l’éthologie, d’illustrer ces concepts avec des exemples concrets de méthodologies utilisées en laboratoire et sur le terrain. Les bases physiologiques et neuronales sous-jacentes à certains comportements seront également présentées. Les étudiants seront amenés à mettre en pratique ces concepts et cette méthodologie (de la démarche expérimentale jusqu’aux analyses statistiques) via divers TP menés chez l’insecte et les mammifères.

À l’issue de cette UE, les étudiant-e-s seront en mesure de :
OAV1. Définir les concepts fondamentaux de l’éthologie.
OAV2. Mobiliser ces concepts pour analyser des documents portant sur l’étude du comportement animal.
OAV3. Identifier des bases physiologiques et neuronales sous-jacentes aux comportements.
OAV4. Construire et mener en autonomie les différentes étapes d’une démarche expérimentale en éthologie dans un cadre collectif et de travail en groupe.
OAV5. Mobiliser des concepts et outils d’observations, informatiques et statistiques dans le cadre des analyses du comportement animal.

21h CM : Introduction Générale (3h) / Mémoire spatiale (3h) / Émotions et comportement (3h) / Bases neurales des comportements motivés (3h) / Stratégies et comportements reproducteurs chez les animaux (3h) Communication chimique chez les Insectes (3h) / Bases neurobiologiques du chant des oiseaux chanteurs (3h).
21h TP : Étude comportementale chez le grillon / TP comportements spontanés chez les rongeurs / Comportement alimentaire chez la souris : Influence de l’état physiologie sur la néophobie / TP Apprentissage / mémoire spatiale / TP neuro-anatomie. Des compte-rendus de TP seront demandés et notés.
3h TD : Statistiques appliquées aux études comportementales.

Le comportement animal David Mcfarland (Auteur) Jacqueline Huart Psychobiologie, éthologie et évolution - Ed. De Boeck
Ethologie animale Anne-Sophie Darmaillacq (Auteur) Une approche biologique du comportement, 2ème édition- Ed De Boeck

Connaissances générales sur l’organisation morphologique et les principales étapes du cycle de reproduction d’une plante à fleurs. Notions de systématique des plantes à fleurs, d’anatomie et de physiologie des végétaux.

Cette UE a pour objectif d’appliquer les notions fondamentales théoriques de botanique, de systématique, d’écologie et d’écophysiologie à l’étude détaillée d’une plante à fleurs (sélectionnée sur un site donné du campus d’Orsay). Cette étude, menée par binôme sous forme d’un projet tutoré, donnera lieu à la rédaction d’un compte-rendu écrit et d’une présentation orale.
Description des séances :
 Découverte du site d’étude et groupements végétaux (3h)
 Morphologie de l’appareil végétatif, organes de réserve et multiplication végétative (3h)
 Morpho-anatomie des plantes choisies (10h)
 Diversité et évolution des formes florales (7h)
 Acclimatation des plantes à la lumière (11h)
 Pigments et couleur des plantes (6h)
 Exposés (5h)

Au terme de cet enseignement, l’étudiant sera capable de :
OAV1. Identifier les principaux organes végétatifs et reproducteurs d’une plante sur la base de caractères morpho-anatomiques, et en établir le lien avec son milieu de vie.
OAV2. Produire une analyse florale, observer et décrire des grains de pollen, en déduire le type de pollinisation. Commenter ces caractères par rapport à la position systématique de la plante.
OAV3. Mesurer la répartition de la biomasse de plantes ayant poussé sous différentes conditions de lumière. Extraire de façon différentielle les pigments végétaux, identifier et quantifier ces pigments. Mesurer l’activité photosynthétique. Interpréter et discuter les données obtenues en fonction des conditions de lumière.
OAV4. Quantifier la réflectance, la transmittance, l’absorbance et la fluorescence dans le visible et l’infrarouge des feuilles d’une plante, et en déduire les propriétés optiques. Établir le lien entre ces propriétés et le fonctionnement photosynthétique.
OAV5. Synthétiser un ensemble d’informations provenant d’observations, d’expérimentations personnelles et/ou de données de la littérature (ouvrages, articles scientifiques, bases de données), sous forme d’un mémoire court, illustré et structuré, et d’une présentation orale en temps limité.

Au cours de la première séance de l’UE (comprenant une sortie sur le terrain), chaque étudiant choisira en binôme une plante présente sur le site d’étude. Chacune des séances suivantes sera ensuite l’occasion d’aborder un aspect particulier concernant cette plante, pouvant donner lieu à de nouvelles sorties de terrain (notamment pour les séances d’écophysiologie). L’ensemble des données collectées lors de ces séances sera complété si besoin par des données issues de la littérature et servira à rédiger un rapport qui sera rendu à l’issue de l’UE. Les principales informations obtenues seront exposées sous la forme d’une présentation orale qui clôturera cette UE.

Objectifs : Les objectifs de l’UE sont (i) de finaliser l’acquisition des connaissances de chimie générale et chimie organique relatives au programme du concours Licence-Véto, (ii) d'entraîner les étudiants à l’épreuve écrite d’admissibilité.

Contenus :

• Cours (4h) et TD (10h) de chimie générale : complétion du programme (cinétique) et révisions (thermochimie, acides et bases, composés peu solubles, redox); problèmes d'annales
• Cours (14h) et TD (14h) de chimie organique : complétion du programme de chimie organique et révisions (chimie organique générale, alcènes, monohalogénoalcanes, alcools, amines, aldéhydes et cétones, acides carboxyliques et dérivés d'acides, synthèses partielles ou totales de molécules d'intérêt) ; problèmes d'annales
• TP (3h) : cinétique chimique
• Concours blancs

Être prêt à passer l’épreuve écrite d’admissibilité (chimie) du concours Licence-Véto
 OAV1. Connaître et savoir appliquer les notions de chimie générale de l'écrit du concours Licence-Véto.
OAV2. Réaliser et exploiter une expérience de cinétique chimique en suivant un mode opératoire.
OAV3. Connaître et savoir appliquer les principales réactions de chimie organique à des synthèses de molécules.
OAV4. Être autonome dans l'application d'une méthodologie pour résoudre des problèmes du concours Licence-Véto.

Enseignement présentiel avec alternance de Cours/TD/TP et concours blancs.

Les annales et rapports de jury des épreuves de concours sont consultables à l’adresse suivante : https://www.concours-agro-veto.net/spip.php?rubrique376

• Les ouvrages destinés aux CPGE pourront être consultés (par exemple, Chimie BCPST-véto collection Méthodes et annales aux éditions Tec et Doc ou J'assure aux concours BCPST, éditions prépa et concours)
• des annales corrigées du concours B (plusieurs éditeurs)

Bases fondamentale de l'écologie

Au cours de cette UE, les étudiant.es, en s’appuyant sur leurs connaissances en écologie, exploreront les principes de restauration et de conservation des systèmes biologiques et étudieront la mise en œuvre de solutions fondées sur la nature. Des aspects particuliers comme l’écotoxicologie, la phytoremédiation et l’utilisation des micro-organismes pour la restauration sont en particulier développés. Un regard critique sur la notion de nature et sur les solutions fondées sur la nature sera développé par une approche philosophique de ces notions.

OAV 1 : Manipuler les concepts de l’écologie en milieu appliqué 
OAV 2 : Développer une approche critique sur les solutions fondées sur la nature
OAV 3 : Identifier les acteurs de la gestion de projets
OAV 4 : Développer une réflexion critique sur des responsabilités humaines possibles vis-à-vis de l’environnement

L’UE comporte une petite partie de cours magistraux (11h) et repose essentiellement sur des TD (16h) et un projet tuteuré (18h). Une sortie de visite d’un site restauré sera organisée.

Programme et contenu disciplinaire
Cette UE est une formation en data sciences destinée aux étudiants biologistes. Essentiellement fondée sur la pratique, elle permet d’apprendre à acquérir, traiter, analyser et exploiter un jeu de données expérimentales. Elle est axée sur 3 contenus disciplinaires : l’analyse statistiques, les bases de données et le machine learning. À cela s’ajoutera une légère initiation à la programmation en Python.
L’enseignement sera constitué de cours et d’ateliers pratiques.

Plan détaillé de la formation

Le plan des cours théoriques sera le suivant :
Les cours introduiront chacun des ateliers

1/ Introduction aux data sciences

Qu'est-ce que les Data sciences ? À quoi servent-elles ? Les différentes composantes des Data sciences Data scientist : un mouton à cinq pattes Un exemple concret

2/ Les données, au centre du problème

Origine, fiabilité, sécurité des données ; diversité des sources Smart data et Big

Avec cette formation, fortement axée sur la pratique, les étudiants acquerront les fondements de ce que l'on appelle les data sciences, leur permettant de traiter et d’analyser des données biologiques en utilisant les outils que sont les statistiques descriptives et inférentielles, les bases de données et le machine learning afin de faire des prédictions et d’établir des modèles fiables ; l'UE les préparera, en outre, à une formation plus complète qui pourrait être donnée dans le cadre d'un master de data sciences. Enfin, les étudiants seront également sensibilisés à la communication des résultats obtenus afin qu'ils soient compréhensibles par des non spécialistes et à la critique des méthodes employées (limites et biais inhérents aux méthodes mais également aux données analysées).
À l’issue de cette formation, l'étudiant(e) sera capable de prendre en charge un travail de data science en biologie et de conduire un projet. L’expertise acquise ira de la création à l'extraction d'informations d'une base de données puis à l’exploitation de ces informations à l’aide d’un traitement statistique complet associé aux techniques d’apprentissage (machine learning) et à la communication des résultats sous forme de présentation orale synthétique (avec graphiques professionnel et éléments de critiques et limites des modèles et des traitements exposés). L’étudiant sera également formé à la rédaction d’un rapport écrit de qualité professionnelle. L'étudiant(e) sera ainsi armé(e) pour répondre aux nouveaux challenges de l’analyse des données en biologie et on pourra lui confier la responsabilité d’un projet de data sciences dans le cadre de son métier, dans le secteur privé comme du secteur publique (notamment Recherche Scientifique).

Organisation et déroulement de l’enseignement
L’enseignement sera constitué de cours et d’ateliers pratiques.
L'enseignement présentiel prendra la forme d’ateliers permettant aux étudiants de mettre en pratique leurs connaissances pour traiter un problème complet de data science, allant de la collecte des données jusqu’à son traitement statistique, sa mise en valeur par le machine learning et à la communication des résultats les plus marquants. Il sera l’occasion de réaliser une base de données, d’effectuer une analyse statistique exploratoire puis une analyse inférentielle, à partir de données extraites par des requêtes SQL de la base de données construite, d’être initié aux techniques de machine learning, au traitement des données manquantes, à la modélisation statistique, à la communication des résultats compréhensible par des non spécialistes et à la critique des méthodes employées (limites et biais inhérents aux méthodes mais également aux données analysées).

Objectifs : Le séquençage du premier génome complet en 1995 a inauguré une nouvelle ère de la biologie s'appuyant sur l'analyse des données à haut débit. Les données dites "omiques" recouvrent les génomes, transcriptomes, protéomes et par extension toutes les informations permettant d'appréhender de manière globale les interactions et productions cellulaires. Tous les domaines de la biologie, de la biologie évolutive, à l'écologie, l'agronomie et la santé, reposent maintenant en grande partie sur l'analyse de ces données massives.

Cette UE vise à découvrir et explorer la richesse des banques de données omiques. Après avoir examiné les différents types de données omiques et leur mode de production, les étudiants travailleront sur des projets où ils réaliseront des protocoles informatiques pour extraire des informations de ces banques et analyser fonctionnellement des réseaux de régulation ou métaboliques à partir des données extraites.

Contenu :

Cours : Nous verrons comment l'information du génome est représentée dans les grandes banques de données publiques:  génomes complets (Ensembl, RefSeq), gènes (COGs), fonctions (Gene Ontology), santé (COSMIC, OMIM, Orphanet), ou expression (GEO). Nous présenterons des packages informatiques (R ou Python) permettant d'interroger les banques et d'en analyser le contenu. Nous verrons comment analyser les données d'expression pour inférer des réseaux de régulation. TD et travail personnel en mode projet : Nous choisirons un réseau de régulation et nous rechercherons les composants de ce réseau dans les différentes bases à l'aide de requêtes programmées. Nous exploiterons des données d'expression pour inférerer un réseau de régulation qui sera représenté graphiquement et informatiquement. Nous intégrerons toutes ces informations pour réaliser une synthèse finale des informations recueillies que nous confronterons à l'état des connaissances sur le réseau étudié.

OAV1. Comprendre et extraire les informations des bases de données omiques, particulièrement transcriptomique

OAV2. Exploiter les bases de données omiques pour analyser des réseaux de régulation. 

OAV3. Implémenter un protocole d'analyse de données d'expression

OAV4. Intégrer des données sous la forme de réseaux biologiques (logiciel Cytoscape)

OAV5. Analyser et comparer des réseaux de régulation.

OBJECTIFS : L’UE Conduite de Projet en Équipe (CPE) amènera l’étudiant à concevoir un projet avec comme objectifs majeurs d’apprendre à organiser son travail au sein d’un groupe et à s’intégrer dans un groupe et y trouver sa place. Il s’agit d’un élément clé de sa future insertion professionnelle. Découvrir les autres compétences au sein de l'équipe, apprendre à s’appuyer sur les autres membres de l’équipe afin de dégager les complémentarités et synergies éventuelles, sont des étapes importantes dans la réussite d’un tel projet.

Compétences préprofessionnelles :
Travailler en équipe : s’intégrer, se positionner, collaborer, communiquer et rendre compte.

Compétences transférables :
 S’organiser, gérer son temps et ses priorités.
 Faire preuve d’initiatives.
 Mobiliser les informations pertinentes et les mettre en forme.
 Construire et développer une argumentation.
 Faire preuve d’esprit critique.
 Respecter la syntaxe et l’orthographe.
 Construire un exposé adapté à l’objet et au public.
 Prendre la parole.

L’UE est intégralement évaluée en contrôle continu. Les étudiants seront évalués sur des supports écrits (tableaux de gestion de projets et, selon le projet, poster, compte-rendu, dossier ou autre format) et deux soutenances orales. L'UE comporte deux cycles de production de documents, chacun d'eux donnant lieu à une évaluation. Le projet final est également évalué tant sur les compétences de conduite de projet que sur la partie scientifique.

Ouvrages de référence sur la démarche Management de Projet en Équipe :

 Marchat H. Le kit du chef de projet Editions Eyrolles, 257p, 2018
 Ouvrage Collectif : Manager un Projet avec succès, Harvard Business Review, 165p, 2019

Cette UE n'est ouverte qu'aux seuls étudiants du parcours Bio-Concours.

L’objectif de cette UE est de préparer les étudiants aux épreuves orales d’admission des concours Licence-Agro/Licence-Véto. Les enseignements sont organisés comme suit :

Préparation à l’épreuve d’entretien (20h environ) : 

La préparation consiste en des entretiens blancs devant un jury et en présence de l’ensemble des étudiants de la promotion. Le but est de préparer les étudiants à cette épreuve (i) en précisant le projet professionnel de chacun, (ii) en guidant l’étudiant vers les sources documentaires nécessaires à l’élaboration de son projet, (iii) en lui apprenant à tirer parti de son parcours, de ses expériences, de ses qualités ou compétences pour élaborer sa présentation, (iv) à savoir réagir de façon appropriée face aux questions du jury.

Préparation à l’épreuve « Sciences et Société » (30h environ) : 

La préparation à cette épreuve comporte (i) l’acquisition de connaissances générales via une série de conférences sur des thèmes scientifiques d’actualité (OGM, expérimentation animale, transhumanisme, séquençage du génome humain, biodiversité, alimentation…), (ii) une formation méthodologique en TD (travail sur la problématisation et l’argumentation autour d’articles tirés de périodiques scientifiques de type « grand public » ou de la presse classique et (iii) des oraux blancs pour s’entraîner en conditions du réel.

NB : Cette UE est facultative et non diplômante, c’est à dire que sa validation ne peut pas servir à l’obtention des 60 ECTS nécessaires à la validation de l’année.

À l'issue de cette préparation, les étudiants seront capables de :
OAV1. Exposer leur parcours et leurs objectifs professionnels en valorisant les compétences acquises au cours de leur cursus ou de leurs expériences extra-universitaires.
OAV2. Être à l'aise lors d'un entretien de recrutement.
OAV3. Argumenter l’impact sociétal ou éthique de certaines avancées scientifiques en Sciences de la Vie.
OAV4. Se positionner sur un sujet "Sciences et Société" et faire preuve d’esprit critique.

Pour une préparation efficace aux oraux Licence-Agro et Licence-Véto, il est indispensable que les étudiants suivent l'actualité via des médias variés (vulgarisation scientifique, presse quotidienne (notamment via le portail Europresse de l'Université Paris-Saclay, blogs internet, documentaires de qualité sur YouTube...) et se renseignent sur les actualités du monde agricole et du monde vétérinaire. Il est également fondamental de consulter les sites des écoles afin de se renseigner sur leurs programmes et spécificités.

Liens utiles :

Site de l'académie d'agriculture : https://www.academie-agriculture.fr/

Site de l'académie vétérinaire : https://academie-veterinaire-defrance.org/

Rapports de jury des épreuves des concours B-BIO/B-ENV : https://www.concours-agro-veto.net/spip.php?rubrique381

Cette UE libre est ouverte aux étudiants qui souhaitent suivre un enseignement optionnel supplémentaire (sous réserve de compatibilité des emplois du temps et après accord des responsables de formation) ou réaliser un stage facultatif conventionné.
NB : Cette UE est non diplômante, c’est à dire que sa validation ne peut pas servir à l’obtention des 60 ECTS nécessaires à la validation de l’année

OAV : Acquérir un complément de formation.

Modalités de contrôle des connaissances et compétences (MC2C) :

Si l’étudiant s’inscrit dans cette UE dans le but de suivre une UE optionnelle supplémentaire, la validation de l’UE suivra les MC2C de l’UE en question. Si l’étudiant s’inscrit dans cette UE dans le but de réaliser un stage facultatif conventionné, il conviendra avec son enseignant référent des modalités de suivi et d’évaluation. Cette évaluation ne fera pas l’objet d’une note, le résultat sera « acquis » ou « non acquis ».

Attendus de l'UE Langue-Anglais3 : Niveau B2 minimum dans les 5 compétences linguistiques.

ANGLAIS DE SPÉCIALITÉ. Cette UE s'inscrit dans la continuité de l'UE Langue-Anglais2 tout en introduisant un
travail sur la langue de spécialité (scientifique et/ou de l'entreprise) : on prolongera l'approche actionnelle dans les 5 compétences (compréhension orale et écrite, expression écrite, expression orale en continu et en interaction) à partir de thèmes choisis selon la filière (interaction à travers de documents écrits et/ou audiovisuels centrés sur une problématique et un scénario de communication). La communication interculturelle pourra être abordée dans le cadre du cours.

Le travail se fera par groupes de niveau.

Cette UE se propose de questionner l’imaginaire collectif que nos sociétés (et celles du passé) partagent sur les sciences et les techniques à travers des œuvres de fiction (roman scientifique, merveilleux scientifique, science-fiction, clifi, etc.). L’imaginaire fictionnel révèle les attentes, les peurs et les valeurs de nos sociétés quant aux sciences et aux techniques. L’imaginaire fictionnel peut susciter des vocations, contribuer à rendre désirable ou acceptable des innovations techniques, il peut aussi être critique et réflexif sur la place des sciences et techniques dans nos sociétés. L’étudier permet aux étudiants de mieux appréhender les enjeux éthiques, scientifiques et sociaux des défis scientifiques et techniques contemporains tels que l’intelligence artificielle, le changement climatique ou la transgénèse.

Savoir susciter la réflexion sur des questions scientifiques à forts enjeux sociétaux

Développer un sens critique et éthique

Travailler en équipe / préparer un exposé oral

Cette UE se présente sous un format cours/TD qui alterne les séances en présence d’un enseignant et les séances en autonomie. Dans un premier temps, il s'agit d’appréhender la manière dont les sciences et les techniques apparaissent dans l’imaginaire social et collectif depuis le début du XIXe siècle, à travers l’étude d’œuvres de fiction (littérature, séries-TV, films de science-fiction…). Dans un second temps, des études méthodiques sont menées par les étudiant.es sur de grands défis scientifiques et techniques (intelligence artificielle, transgénèse, humains augmentés, missions spatiales…) à partir d’œuvres fictions mais aussi à partir de rapports sur la science-fiction produits par des institutions telles que l’ESA. Elles sont ensuite analysées et contextualisées grâce à l’histoire et à la sociologie des sciences et des techniques pour aider les étudiant.es à identifier clairement les enjeux éthiques, scientifiques et sociaux de ces défis scientifiques et techniques.

Cette unité d’enseignement vient compléter les UEs Fonctionnement de l’homme en activité de L1 et Ergonomie et Prévention des risques de L2. Elle propose une introduction des concepts fondamentaux et méthodes de base en ergonomie ainsi qu’une mise en pratique de ces concepts et méthodes sur un des champs de pratique professionnelle des ergonomes : la santé au travail et du travail (qui inclue : la prévention des risques professionnels et la qualité de vie au travail, la conception de situation de travail et d’activité, et les conditions de réalisation du travail). Par sa structuration, cette UE vise à faire le lien entre des notions et des connaissances abordées durant la licence de biologie et des questions abordées par l’Ergonomie.

OAV 1 : Décrire et expliquer le métier d’ergonome

OAV 2 : Décrire et expliquer quelques concepts fondamentaux et méthodes de base en ergonomie

OAV 3 : Décrire et expliquer quelques domaines d’action des ergonomes en lien avec la santé au travail

OAV 4 : Décrire et expliquer comment les ergonomes analysent une situation de travail

Les thématiques suivantes seront traitées en articulant des temps d’apports de connaissances (CM) et des temps d’exercice et de mise en pratique (TD) : découverte de l’ergonomie et du master "Ergonomie et Facteurs Humains" de l'université Paris-Saclay, concepts et méthodologies de base de l’ergonomie, santé au travail et du travail/prévention des risques/QVCT, conception de situations de travail et d’activité. Des situations de travail ou d’activité seront utilisées comme fil conducteur et permettant la mise en pratique.

La bioinformatique est une discipline qui consiste à mettre en application des outils informatiques pour organiser, analyser, comprendre, visualiser et stocker des informations, en relation avec des macromolécules biologiques. C’est une discipline en constante évolution, en fonction de l’avancement des connaissances en biologie. Cet enseignement a pour objectif de présenter différentes utilisations et applications de la bioinformatique en sciences du vivant. Nous verrons ainsi qu’il n’existe pas « une » bioinformatique, mais plutôt « des » bioinformatiques. Ces bioinformatiques dépendent 1) des contextes disciplinaires dans lesquels elles sont pratiquées (informatique, mathématiques, statistiques ou biologie), 2) requièrent des compétences techniques diversifiées (utilisation de logiciels existants, création de programmes informatiques originaux) et 3) de l’échelle à laquelle les objets biologiques sont étudiés (étude des propriétés individuelles ou bien des propriétés globales des systèmes).

OAV1. S'initier à l'analyse de séquences génomiques et à la phylogénie moléculaire.
OAV2. Représenter et manipuler les structures 3D des protéines.
OAV3. Intégrer des données de natures différentes (séquences nucléiques, protéiques et structures protéiques).
OAV4. Associer bioinformatique génomique et bioinformatique structurale pour élucider la fonction d'un gène.
OAV5. Identifier les différents champs de biologie dans lesquels la bioinformatique est utilisée.

Responsabilité de l'UE partagée entre Pierre Grognet / Anne Lopes

Les cours seront accompagnés de ressources complémentaires, disponibles sur Internet. Des évaluations des acquis de compétences sont proposées régulièrement aux étudiants, sous la forme de questionnaires (QCM). Le travail en groupe sera encouragé lors des mises en applications pratiques. Un forum sera mis à la disposition des étudiants, pour favoriser les discussions et le partage d’informations en dehors de la classe.

https://www.bioinformaticsalgorithms.org/lecture-videos

Aucun pré-requis.

Avec comme fil conducteur les relations phylogénétiques entre les taxons, la diversité biologique est mise en relation avec des mécanismes et des scénarios évolutifs. Les méthodologies propres à ce domaine sont d’abord vues : construction de phylogénies, analyse de caractères sur une base phylogénétique, concepts permettant de lier évolution moléculaire et phénotypique. Des exemples sont ensuite discutés en utilisant des supports écrits, des supports audiovisuels et de la recherche dans des bases de données.

OAV1. Reformuler un problème biologique en prenant en compte la dimension évolutive.
OAV2. Savoir choisir les concepts évolutifs pertinents par rapport au problème à traiter.
OAV3. Répondre à un problème biologique en utilisant l'information évolutive disponible.
OAV4. Savoir apprécier les échelles de temps et replacer l’origine évolutive de grands groupes taxinomiques.
OAV5. Comprendre la relation entre l'évolution et le développement : l'évo-dévo.
OAV6. Comprendre la relation entre l'écologie, l'évolution et le développement : l'éco-évo-dévo.
OAV7. Savoir construire, lire et interpréter un arbre phylogénétique d'espèces.
OAV8. Savoir construire, lire et interpréter un arbre phylogénétique de gènes.
OAV9. Savoir reconnaître des gènes homologues et déterminer s’ils sont des orthologues, paralogues ou ohnologues.
OAV10. Comprendre et calculer le taux de substitutions au cours de l'évolution d'un gène.
OAV11. Savoir identifier sur un arbre phylogénétique les homologies primaires et secondaires ainsi que les homoplasies.
OAV12. Décrire les interactions durables entre organismes et leurs conséquences évolutives (coévolution, eusocialité).
OAV13. Connaitre les grandes étapes de l'évolution de la lignée humaine et savoir les placer dans le temps.
OAV14. Comprendre et expliquer l'origine de la diversité morphologique et culturelle chez l'homme.
OAV15. Comprendre l'origine de la sexualité et ses différentes modalités.

L'UE est construite autour de cours dont les éléments principaux sont mis en oeuvre au cours de 6 TD et 1 TP de bioinformatique. Deux de ces TD sont des commentaires autour de films traitant des concepts vus en cours. Les étudiants sont entraînés à être critiques sur ce qui est présenté comme des évidences.

Dans le champ de l’écologie, cette UE est centrée sur les niveaux d’organisation biologique que sont les écosystèmes et la biosphère.
L’objectif de cette UE est de présenter les concepts fondamentaux du fonctionnement des écosystèmes et de la biosphère, de définir et étudier les notions de flux de matière et d’énergie, de structuration des écosystèmes, de cycles des éléments (carbone, azote, phosphore et oxygène) et de l’eau, et de bilan énergétique. À l’échelle des écosystèmes, l’UE portera plus particulièrement sur la genèse des sols et les interactions sol – végétation.
Ces concepts sont abordés en cours, par des travaux pratiques en salle de TP et lors de sorties sur le campus.

À l’issue de cette UE, les étudiant·e·s seront en mesure de :
OAV1. Définir et décrire les cycles biogéochimiques du C, N, P et de l’eau à l’échelle de l’écosystème et de la biosphère.
OAV2. Décrire et expliquer les flux qui contribuent au bilan d’énergie d’un écosystème et de la terre.
OAV3. Décrire les flux d’énergie et de matière au sein des écosystèmes et expliquer comment les facteurs abiotiques les impactent.
OAV4. Décrire la formation et la structure d’un sol et son évolution ainsi qu’associer et nommer les communautés végétales aux différents types de sol.
OAV5. Mobiliser des concepts et outils des mathématiques, de la physique et de la chimie dans le cadre des problématiques d’écologie des écosystèmes.

L'UE Ecologie des écosystèmes comporte 45 heures d'enseignement réparties entre des cours magistraux (22h30), des travaux pratiques (21h avec 7 séances de 3h) et une séance de travail en autonomie (1h30).
L’UE est évaluée par un contrôle continu comptant pour 35% de la note finale et un examen final portant sur l'ensemble des enseignements (65% de la note finale). Le contrôle continu est constitué de comptes-rendus de TP et d’un examen en salle sur les TP en milieu de semestre.

- Avoir des connaissances en biologie moléculaire, sur la structure de l'ADN, le code génétique, la réplication, la transcription (systèmes eucaryote et procaryote), la traduction
- Être en mesure de différencier la structure et le modèle d'expression d'un gène eucaryote de celui d'un gène procaryote.
- Avoir suivi l’UE de Biochimie du L2, ou équivalent.

1. Décrire les processus dynamiques de remodelage de la structure de la chromatine 
2. Schématiser la structure d’un gène, l'orienter sur le génome et décrire la structure de l'ARN produit
3. Décrire les techniques de biologie moléculaire pour l’analyse de l’ADN (PCR, séquençage sanger et haut débit) et de l’ARN (RT-PCR semi-quantitative et quantitative, RNAseq)
4. Définir les principes de la transgenèse animale et végétale
5. Décrire à quoi correspondent les marqueurs moléculaires de type microsatellites, SNP, RFLP, CAPS et expliquer leur utilité
6. Déterminer le génotype d’un individu ainsi que les relations de parenté entre individus à partir de l’analyse des marqueurs moléculaires (par exemple microsatellites) 
7. Décrire la structure des protéines, donner des exemples de classes de protéines (structurales, membranaires, enzymes…)
8. Décrire les méthodes et retrouver les principes des techniques nécessaires à l’étude des différents niveaux d’organisation des protéines 
9. Décrire les caractéristiques principales du métabolisme cellulaire, décrire une pathologie associée à son dysfonctionnement
10. Analyser un article scientifique.

OAV1 : Décrire l'organisation des génomes et définir la notion de gène chez les procaryotes et les eucaryotes
OAV2 : Décrire les outils de la biologie moléculaire couramment utilisées en Biologie des Organismes et Ecologie et interpréter les résultats expérimentaux obtenus par ces techniques
OAV3 : Décrire et analyser le polymorphisme moléculaire
OAV4. Acquérir des connaissances fondamentales sur l’organisation structurale des macromolécules biologiques et sur les outils/techniques de biochimie permettant d’étudier ces macromolécules.
OAV5. Connaître les bases du fonctionnement des protéines et enzymes.
OAV6. Connaître les bases indispensables à une compréhension globale du métabolisme énergétique cellulaire.
OAV7. Décrire, analyser et interpréter des documents dans l’optique d’acquérir une démarche expérimentale.

L'UE BBME a pour objectif de maitriser les outils associés aux analyses de l’organisation structurale et du fonctionnement des macromolécules biologiques afin d'être capable d’expliquer et d’interpréter des résultats expérimentaux en biologie des organismes et Ecologie. L'UE comporte 45 heures d'enseignements réparties entre des cours magistraux (25 heures), des travaux dirigés (18 heures) et 2 heures de TP de bioinformatique. Elle est évaluée par des contrôles continus (15% de la note finale) et un examen général portant sur l'ensemble du cours (85% de la note finale).

- Biologie Moléculaire - Exercices Et Méthodes - Licence - Paces - Capes - Bourmeyster Nicolas, Dunod.
- Principes des techniques de biologie moléculaire et génomique : 3e édition. Denis Tagu, Stéphanie Jaubert-Possamai, Agnès Méreau.
- https://dnalc.cshl.edu/resources/animations/
- Biologie moléculaire de la cellule - Bruce Alberts et collaborateurs
- La Biochimie – Lubert Stryer

Aucun pré-requis obligatoire. Connaissances générales sur les plantes conseillées.

Programme de l'enseignement :

 Diversité et évolution des grands clades de plantes terrestres
 Synthèse comparée des cycles de reproduction
 Adaptations à la dispersion et la pollinisation
 Pourquoi/comment classer les plantes - aperçu des principales familles
 Interactions symbiotiques chez les plantes
 Origine et diversité des algues

Les grands chapitres du cours :
Chapitre I – Les Bryophytes
Chapitre II – Les Monilophytes et les Lycophytes
Chapitre III – Les Gymnospermes
Chapitre IV –Les Angiospermes
IV – 1 – Morphologie et anatomie
IV – 2 – Reproduction
IV – 3 – Classification
IV – 4 – Floristique
Chapitre V – Les algues
Chapitre VI – Les interactions symbiotiques
Chapitre VII – Le MOOC Herbes Folles

Chaque chapitre comporte une partie de cours et des travaux pratiques d’application.

Objectifs d’apprentissage visés :
OAV1. Replacer les organismes photosynthétiques dans l’arbre du vivant et rappeler leur origine, énumérer les différents clades de plantes terrestres et décrire les relations phylogénétiques entre ces clades.
OAV2. Observer et décrire la morphologie d’une plante ou d’une algue, et identifier le grand groupe auquel elle appartient d’après ses caractéristiques morphologiques ; schématiser son cycle de reproduction.
OAV3. Décrire les différents systèmes de pollinisation et de dispersion (des graines).
OAV4. Décrire les interactions mutualistes établies par les plantes au niveau de leur système racinaire.
OAV5. Choisir des appareillages optiques et des outils de dissection adaptés, retranscrire des observations sous la forme de dessins et de schémas légendés pour expliquer le rôle des structures biologiques observées et les comparer entre elles.
OAV6. Rechercher et synthétiser des données de la littérature pour produire une fiche descriptive d’une famille ou d’une espèce botanique et communiquer à l’oral, en lien avec un MOOC.

L'UE Botanique comporte 45 heures d'enseignement réparties entre des cours magistraux (18 heures) et des travaux pratiques (9 séances de 3 heures chacune).
Elle est évaluée par un contrôle continu (30% de la note finale : interrogations de 10 minutes pendant les séances de TP 3, 5, 7, 9), un questionnaire sur le MOOC Herbes Folles (20% de la note finale) et un examen général portant sur l'ensemble du cours (50% de la note finale).
Des quiz sont proposés pendant les cours ou les TP pour faire des points rapides sur les connaissances (auto-évaluation). Des points presse sont proposés pendant les cours et les TP pour faire le lien entre l'actualité scientifique et le chapitre traité.

Initiation à la botanique pour le grand public : les vidéos du MOOC Botanique de Tela Botanica
https://www.youtube.com/playlist?list=PLCOZN0d_687cX1o6_hhjow9pRIIImipeP

Les enseignements du module se repartissent en 22,5h de cours et 22,5h de TP.

PROGRAMME :
Liens structure des communautés et flux dans les réseaux trophiques (COURS 3h)
Biogéo insulaire, compétition et prédation, réseaux trophiques, crise Biodiversité, écologie de la conservation (COURS 7,5h)
Relations interspécifiques, foraging ecology, comportement prédation (COURS 3h)
Écologie aquatique (COURS 3h, TP 3h)
Isotopes stables (COURS 3h, TP isotopes stables et réseaux trophiques 3h)
I2M2 (COURS 1,5h, TP 3h)
Microbio (COURS 1,5h, TP 3h)
Réponse fonctionnelle + dynamique des communautés (TP 6h)
Bilan hydrique BV (TP 4,5h)

À l’issue de cette UE, les étudiant·es seront capables de :
OAV1. Expliquer comment les interactions plurispécifiques structurent les communautés.
OAV2. Montrer les liens entre structure des communautés et flux de matières et d’énergie en utilisant différentes approches (interaction entre organismes, isotopes stables).
OAV3. Justifier comment la crise de la biodiversité affecte le fonctionnement des communautés et des écosystèmes.
OAV4. Identifier les processus fondamentaux du fonctionnement des écosystèmes aquatiques de l’échelle des communautés à celle du bassin versant et réaliser un diagnostic de l’état d’un écosystème aquatique.
OAV5. Mobiliser des concepts et outils des mathématiques, de la physique et de la chimie dans le cadre des problématiques d’écologie des communautés et des écosystèmes.

Définition des concepts fondamentaux de génétique des populations (pressions évolutives et régime de reproduction). Implication de ces concepts pour comprendre l’origine et la dynamique de la biodiversité et appréhender comment les mécanismes évolutifs rendent possible, mais aussi contraignent, l’adaptation des espèces aux changements de l’environnement. Illustration en biologie de la conservation, épidémiologie, génétique humaine et agronomie.

OAV1. Définir les concepts fondamentaux en génétique des populations et les illustrer.
OAV2. Prédire l’évolution de la composition génétique d’une population en fonction des pressions évolutives et du régime de reproduction.
OAV3. Construire une réponse rigoureuse et argumentée à une question posée.
OAV4. Formuler des hypothèses crédibles et argumentées pour expliquer la composition génétique observée d’une population.
OAV5. Traduire sous forme mathématique une problématique de génétique des populations puis la résoudre en mobilisant des outils mathématiques.

Les notions vues en cours seront travaillées en TD. Un TD en salle informatique, permettra de simuler l'évolution génétique d'une population. Des exercices wims seront à la disposition des étudiants pour pouvoir revoir les notions importantes en autonomie. Une visite au muséum national d'histoire naturelle sera organisée.

L1-L2 de biologie
L'UE de mathématiques de L1

Outils mathématiques : 1- Études de fonctions, notion de dérivée, notion de limite, tracé de graphes de fonctions. 2- Résolution théorique de quelques équations différentielles simples suivie de l'apprentissage de la méthode de résolution qualitative (points d'équilibre, solution stationnaire, diagramme de phase) et application de cette méthode à des équations différentielles quelconques. 3- Résolution qualitative de systèmes de 2 équations différentielles (points d'équilibre, isoclines, diagramme de phase).
Application à la modélisation en Biologie : Apprendre à écrire la ou les équations différentielles décrivant la dynamique d'un phénomène biologique (évolution d'une population, cinétique d'une réaction chimique, ...), étudier la ou les équations obtenues grâce aux outils mathématiques précédemment développés, interpréter biologiquement les conclusions mathématiques.

OAV1. Modéliser un phénomène biologique par des fonctions dépendantes du temps, en utilisant des équation(s) différentielle(s).
OAV2. Résoudre mathématiquement des équations différentielles.
OAV3. Identifier mathématiquement et graphiquement les conditions d’équilibre d’un système d'équations différentielles.
OAV4. Interpréter biologiquement l’étude mathématique d’équations ou de systèmes différentiels.
OAV 5 : Aborder la linéarisation d’un système différentiel.

Cette UE se présente sous forme de cours intégré, les équations différentielles sont tout d'abord abordées par des enseignants mathématiciens et permettent aux étudiants de s'entrainer à la résolution d'équations différentielles. Dans un second temps, des enseignants biologistes interviennent afin d’illustrer la diversité des problèmes biologiques pouvant être modélisés par des équations différentielles. Lors de ces séances, l'accent est davantage mis sur la modélisation d'un énoncé biologique en équation mathématique. Après le partiel, le semestre se poursuit en abordant les systèmes d’équations différentielles, toujours avec la même méthode : mathématiquement puis en modélisant des problèmes biologiques. Des feuilles wims et des rédactions d'exercices comptant pour le contrôle continu sont proposés tout au long du semestre (résoudre des équations et modéliser des problèmes biologiques). Pour l’évaluation de la partie biomaths, un travail sous forme de projet à réaliser en petits groupes et l’énoncé de l’examen terminal est du même type que ce projet.

Objectif : L’objectif de l’UE est de poursuivre l’acquisition des connaissances et savoir-faire de chimie générale relatifs au programme du concours Licence-Véto, en vue de l’épreuve écrite d’admissibilité.
Contenus : Cours (14h) et TD (14h) : Transfert d’électrons en phase aqueuse (10h); Composés peu solubles (6h); Diagrammes E-pH (6h); Complexes en solution aqueuse (6h)
TP (2h) : Dosage redox

Poursuivre l’apprentissage des connaissances et acquérir la méthodologie de résolution de problèmes en chimie générale pour l'écrit d'admissibilité du concours Licence-Véto
OAV1. Connaître et savoir appliquer les notions de chimie générale relatives à l'écrit du concours Licence-Véto
OAV2. Appliquer une méthodologie pour résoudre des problèmes de ce concours.
OAV3. Réaliser et exploiter des dosages chimiques redox.

Enseignement présentiel avec alternance de Cours/TD/TP.